Las funciones del Consejo Científico son las siguientes:
a) Velar por la excelencia y pertinencia de los programas y proyectos, así como de las actividades de apoyo a la investigación que se ejecutan en el INII.
b) Proponer al Consejo Asesor las directrices, planes estratégicos, planes operativos, líneas de investigación, normas y procedimientos de investigación, de acuerdo con este reglamento y las políticas emanadas del Consejo Universitario.
c) Evaluar, dar seguimiento y asesoramiento al personal investigador adscrito, mediante criterios basados en la producción académica.
d) Aprobar la adscripción o la separación del personal investigador, cuando, en este último caso, luego del debido proceso, las autoridades competentes determinen que existe incumplimiento de sus deberes y responsabilidades dentro del proceso de investigación.
e) Aprobar la incorporación de personal visitante y de las personas estudiantes de grado, posgrado o visitantes.
f) Conocer, evaluar, aprobar o rechazar los programas, proyectos o las actividades de apoyo a la investigación y proyectos de acción social, con base en los instrumentos diseñados por la vicerrectoría correspondiente.
g) Analizar si el presupuesto, las cargas académicas o la jornada laboral son acordes con la propuesta de investigación o acción social planteadas, y realizar las recomendaciones pertinentes a la dirección de la unidad correspondiente para la aprobación de los tiempos para investigación o acción social.
h) Evaluar los informes de avance de los diferentes programas, proyectos de las actividades de apoyo a la investigación y de los proyectos de acción social, sean informes parciales o informes finales, de acuerdo con los criterios de evaluación definidos por la vicerrectoría correspondiente.
i) Informar a las autoridades correspondientes sobre los casos de incumplimiento en los que incurran las personas investigadoras.
j) Decidir sobre la ampliación de la vigencia de los programas, proyectos, actividades de apoyo a la investigación y de los proyectos de acción social, utilizando los instrumentos definidos por la vicerrectoría correspondiente.
k) Decidir sobre el cierre de los programas, proyectos, actividades de apoyo a la investigación y de los proyectos de acción social previamente aprobados. En caso de un cierre de proyecto, se deberá rendir un informe detallado a la vicerrectoría correspondiente, la cual tomará las acciones del caso.
l) Revisar y aprobar los programas, proyectos, actividades de apoyo a la investigación y proyectos de acción social, así como, informes parciales y finales aprobados por entes financieros externos, antes de ser enviados a la vicerrectoría correspondiente para su registro.
m) Remitir los programas y proyectos para que sean evaluados por el Comité Ético-Científico (CEC), cuando corresponda, y según realicen investigación en seres humanos. En este caso, la persona investigadora debe acompañar la propuesta con el respectivo documento de Consentimiento Informado.
n) Verificar que en las publicaciones realizadas por el personal investigador se indique la entidad donde se ejecutó el proyecto y la unidad académica que asignó la carga académica o la jornada laboral, así como, aquellas instancias universitarias que hayan aprobado como parte de los programas, proyectos o actividades de apoyo a la investigación y de proyectos de acción social.
ñ) Designar a una persona investigadora adscrita al Instituto como su representante ante el Consejo Asesor, por un periodo de dos años prorrogables.
o) Conocer, analizar y hacer las recomendaciones pertinentes a los procesos de firma de contratos o convenios de cooperación institucional como parte de los programas, proyectos o actividades de apoyo a la investigación y de proyectos de acción social.
p) Conocer, aprobar o rechazar los presupuestos ordinarios o extraordinarios de los proyectos, programas o las actividades de apoyo a la investigación y proyectos de acción social que sean acordes con la propuesta de investigación planteada, o en su efecto, realizar las recomendaciones pertinentes.
q) Elegir, en una sesión del Consejo Asesor ampliado con el Consejo Científico, a la persona que ocupe el puesto de Dirección, al igual que a quien ocupe la Subdirección.